Detectie fusietranscripten bij ALL door RNAsequencing
Staaltype:
Voorkeur voor beenmerg EDTA; bloed EDTA indien voldoende aantal blasten
Volume:
Beenmerg (min. 1 mL), 4 mL bloed (min. 3 mL)
Uitvoering:
1x per week
Antwoordtijd:
15 dagen
Afnamecondities:
Vers afgenomen met vermelding afnametijdstip op aanvraagformulier (datum en uur)
Verzending:
Binnen 24h na afname
Techniek:
RNAsequencing met de Archer ALL FusionPlex kit
Techinfo:
De FusionPlex ALL kit van de firma Archer kan fusietranscripten opsporen van de meest frequente fusietranscripten die bij ALL patiënten aanwezig zijn. Meer specifiek kunnen fusies van de volgende genen gedetecteerd worden: ABL1, ABL2, BCL11B, BCL2, BCL6, BCR, CHD1, CRLF2, CSF1R, EBF1, EPOR, ETV6, FGFR1, IKZF1, IKZF2, IKZF3, JAK2, KLF2, KMT2A, MLLT4, MYC, NF1, NOTCH1, NTRK3, NUP214, NUP98, P2RY8, pAX5, PBX1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGRFB, PICALM, PTK2B, RUNX1, SEMA6A, SETD2, STIL, TAL1, TCF3, TYK2 en ZCCHC7. Technische uitvoering: Na RNA extractie wordt dit geconverteerd naar cDNA. Vervolgens worden hieraan adapters geligeerd met patiënt-specifieke barcodes en de nodige adapters die sequencing op de MiSeq van Illumina toelaten. Vervolgens worden de fusietranscripten geamplificeerd met gebruik van een gen-specifieke primer en een universele primer, die bindt met de adapter. Na sequentie-bepaling worden de bekomen sequenties geanalyseerd met de Archer Analysis Software. De library preparation, sequenering, primaire en secundaire data-analyse wordt uitgevoerd door het platform Moleculaire Diagnostiek UZ Gent (MDG) (https://www.cmgg.be/nl/zorgverlener/labguide/platform-moleculaire-diagnostiek-uz-gent-mdg).
Klinische info:
De RNAseq analyse kan zowel gekende fusietranscripten (zoals bv. ETV6-RUNX1 of STIL-TAL) als nieuwe fusietranscripten (waarvan één van de partners onderzocht wordt met dit panel) identificeren. Deze analyse wordt enkel uitgevoerd in het kader van ALL diagnose.
Opmerkingen:
Belang pre-analytische fase - stabiliteit staal: De stabiliteit van een staal met vermoeden acute leukemie voor moleculaire uitwerking is beperkt daar de bepaling op RNA gebeurt. Op die manier moet de verwerking van het monster (isolatie witte bloedcellen) zeker binnen de 48h na afname uitgevoerd worden! Het staal daarom zo snel mogelijk naar het labo Moleculaire Diagnostiek (MolHem) versturen, namelijk binnen de 24h na afname! In tussentijd moet het staal in de koelkast bewaard worden (2-8°C). Terugbetaling: Translocatiescreening met RNAseq bij AML is terugbetaald onder de NGS conventie (zie website RIZIV voor meer info).
Detailinformatie:
Externe kwaliteits evaluatie:
UK NEQAS (United Kingdom National External Quality Assessment Service)
Accreditatie:
Ja (Accreditatie volgens BELAC-certificaat 087-MED)
Validatiedossier:
Ja
Verantwoordelijke:
Apr. biol. B. Denys