Detectie fusietranscripten bij AML door RNA sequencing (Heme_v2) LG-450

Staaltype:

Voorkeur voor beenmerg EDTA; bloed EDTA indien voldoende aantal blasten

Volume:

Beenmerg (min. 1 mL), 4 mL bloed (min. 3 mL)

Uitvoering:

1x per week

Antwoordtijd:

Maximaal 21 dagen na ontvangst van het staal

Afnamecondities:

Vers afgenomen met vermelding afnametijdstip op aanvraagformulier (datum en uur)

Techniek:

RNAsequencing met de Archer Heme_v2 FusionPlex kit

Techinfo:

De FusionPlex Heme_v2 kit van de firma Archer kan fusietranscripten opsporen van de meest frequente fusietranscripten die bij AML patiënten aanwezig zijn. Meer specifiek kunnen fusies van de volgende genen gedetecteerd worden: ABL1, ABL2, ALK, BCL11B, BCL2, BCL6, BCR, BIRC3, CBFB, CCND1, CCND2, CCND3, CD274, CDK6, CDKN2A, CEBPA, CEBPD, CEBPE, CEBPG, CHD1, CHIC2, CIITA, CREBBP, CRLF2, CSF1R, CTLA4, DEK, DUSP22, EBF1, EIF4A1, EPOR, ERG, ETV6, FGFR1, FOXP1, GLIS2, ID4, IKZF1, IKZF2, IKFZF3 IRF4, IRF8, JAK1, KAT6A, KLF2, KMT2A, MALT1, MECOM, MKL1, MLF1, MLLT10, MLLT4, MUC1, MYC, MYH11, NF1, NFKB2, NOTCH1, NTRK3, NUP214, NUP98, P2RY8, PAG1, PAX5, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PICALM, PML, PRDM16, PTK2B, RARA, RBM15, ROS1, RUNX1, RUNX1T1, SEMA6A, SETD2, STIL, TAL1, TCF3, TFG; TP53, TYK2, ZCCHC7.

Technische uitvoering:
Na RNA extractie wordt dit geconverteerd naar cDNA. Vervolgens worden hieraan adapters geligeerd met patiënt-specifieke barcodes en de nodige adapters die sequencing op de MiSeq van Illumina toelaten. Vervolgens worden de fusietranscripten geamplificeerd met gebruik van een gen-specifieke primer en een universele primer, die bindt met de adapter. Na sequentie-bepaling worden de bekomen sequenties geanalyseerd met de Archer Analysis Software.
De library preparation, sequenering, primaire en secundaire data-analyse wordt uitgevoerd door het platform Moleculaire Diagnostiek UZ Gent (MDG) (https://www.cmgg.be/nl/zorgverlener/labguide/platform-moleculaire-diagnostiek-uz-gent-mdg).

Klinische info:

De RNAseq analyse kan zowel gekende fusietranscripten (zoals bv. CBFB::MYH11 of RUNX1::RUNX1T1) als nieuwe fusietranscripten (waarvan één van de partners onderzocht wordt met dit panel) identificeren.
Deze analyse wordt enkel uitgevoerd in het kader van AML diagnose.

Opmerkingen:

Belang pre-analytische fase - stabiliteit staal:
De stabiliteit van een staal met vermoeden acute leukemie voor moleculaire uitwerking is beperkt daar de bepaling op RNA gebeurt. Op die manier moet de verwerking van het monster (isolatie witte bloedcellen) zeker binnen de 48h na afname uitgevoerd worden! Het staal daarom zo snel mogelijk naar het labo Moleculaire Diagnostiek (MolHem) versturen, namelijk binnen de 24h na afname! In tussentijd moet het staal in de koelkast bewaard worden (2-8°C).

Terugbetaling:
Translocatiescreening met RNAseq bij AML is sinds 1/7/23 terugbetaald onder de NGS conventie (zie website RIZIV voor meer info).

Detailinformatie:

Externe kwaliteits evaluatie:

UK NEQAS (United Kingdom National External Quality Assessment Service)

Accreditatie:

Validatiedossier:

Ja

Verantwoordelijke:

Apr. biol. B. Denys