Detectie Fusietranscripten door RNA sequencing (PanCancer panel) LG-467

Staaltype:

Voorkeur voor beenmerg EDTA; bloed EDTA indien voldoende aantal blasten

Volume:

Beenmerg (min. 1 mL), 4 mL bloed (min. 3 mL)

Uitvoering:

1x per week

Antwoordtijd:

Maximaal 21 dagen na ontvangst van het staal

Afnamecondities:

Vers afgenomen met vermelding afnametijdstip op aanvraagformulier (datum en uur)

Techniek:

Capture-based RNA sequencing

Techinfo:

Met het PanCancer_v1 panel kunnen fusietranscripten van 171 verschillende genen gedetecteerd worden. Voor een lijst van de genen, zie link naar de bijlage onderaan. Het panel wordt zowel gebruikt in de detectie van fusietranscripten bij hematologische aandoeningen als bij solide tumoren (via APD/MDG). In het kader van de hematologische toepassingen is dit vooral gericht op de detectie van fusietranscripten bij patiënten met acute myeloide leukemie (AML), acute lymfoblastaire leukemie (ALL) of hypereosinofilie (HES).

Technische uitvoering:
Na RNA extractie wordt dit geconverteerd naar cDNA. Vervolgens worden hieraan adapters geligeerd met patiënt-specifieke barcodes en de nodige adapters die sequencing op de sequencers van Illumina toelaten. Vervolgens worden de fusietranscripten van de genen van interesse aangerijkt met behulp van specifieke probes. Na sequentie-bepaling worden de bekomen sequenties geanalyseerd met een in-house pipeline.
De library preparation, sequenering, primaire en secundaire data-analyse wordt uitgevoerd door het platform Moleculaire Diagnostiek UZ Gent (MDG) (https://www.cmgg.be/nl/zorgverlener/labguide/platform-moleculaire-diagnostiek-uz-gent-mdg).

Klinische info:

De RNAseq analyse kan zowel gekende fusietranscripten (zoals bv. CBFB::MYH11 of RUNX1::RUNX1T1) als nieuwe fusietranscripten (waarvan één van de partners onderzocht wordt met dit panel) identificeren.
Deze analyse wordt enkel uitgevoerd in het kader van de diagnostische uitwerking van AML, ALL of HES en is niet geschikt voor MRD analyse.

Opmerkingen:

Belang pre-analytische fase - stabiliteit staal:
De stabiliteit van een staal met vermoeden acute leukemie voor moleculaire uitwerking is beperkt daar de bepaling op RNA gebeurt. Op die manier moet de verwerking van het monster (isolatie witte bloedcellen) zeker binnen de 48h na afname uitgevoerd worden! Het staal daarom zo snel mogelijk naar het labo Moleculaire Diagnostiek (MolHem) versturen, namelijk binnen de 24h na afname! In tussentijd moet het staal in de koelkast bewaard worden (2-8°C).

Opmerking ivm aanrekening:

NGS conventie

Detailinformatie:

Externe kwaliteits evaluatie:

UK NEQAS (United Kingdom National External Quality Assessment Service)

Accreditatie:

Ja (Accreditatie volgens BELAC-certificaat 087-MED)

Validatiedossier:

Ja

Verantwoordelijke:

Apr. biol. B. Denys