Mutatie Calreticulin of CALR

Staaltype:

Bloed of beenmerg EDTA

Volume:

1 EDTA tube bloed (min. 1 mL) of beenmerg (min. 1 mL)

Uitvoering:

Om de 2 weken

Antwoordtijd:

Max. 25 dagen

Afnamecondities:

Vers afgenomen met vermelding afnametijdstip op aanvraagformulier (datum en uur)

Verzending:

Binnen de 2 dagen na afname

Methode:

Next Generation Sequencing (NGS)

Techinfo:

CALR mutaties worden opgespoord met een NGS m.b.v. van een panel met een beperkt aantal genen (MPNmini panel).

Technische informatie NGS:
- Mutatieanalyse gebaseerd op massive parallel sequencing of next generation sequencing (NGS); voor volledig panel (3 genen) zie informatie bij `Mutatieanalyse van genen betrokken bij MPN mbv NGS`
- Enkel varianten met een VAF (Variant Allele Frequency) van > 5% met klinische relevantie worden gerapporteerd.  
- RefSeq (NCBI): NM_004343.3	
- Exon 9
- Codon: alle codons 
- Nucleotiden: c.1053-1254
- Coördinaten (chromosomale posities) van de nucleotiden van interesse (hg38): chr19:12943711-12943916

Uitvoering:
De library preparation, sequenering, primaire en secundaire data-analyse wordt uitgevoerd door het platform Moleculaire Diagnostiek UZ Gent (MDG) (https://www.cmgg.be/nl/zorgverlener/labguide/platform-moleculaire-diagnostiek-uz-gent-mdg) 	

Klinische info:

Calreticulin (CALR) is een calcium-bindend eiwit dat voornamelijk in het endoplasmatisch reticulum (ER) gelokaliseerd is, maar ook in de kern, celmembraan of extracellulaire matrix kan voorkomen. De carboxyterminale regio bevat het calcium-bindend domein en het ER-retentiesignaal KDEL. Mutaties in CALR zijn steeds frameshift mutaties in exon 9 die resulteren in een mutant eiwit met een nieuwe carboxyterminus. De mutaties geven aanleiding tot een constitutionele activatie van de thrombopoïetine receptor MPL. Mutaties in CALR komen vaak voor in essentiële thrombocytose (ET) en in primaire myelofibrose (PMF), in 20-30% van de gevallen. In de groep zonder JAK2/MPL mutatie komt de mutatie nog frequenter voor, namelijk in ongeveer 50% bij ET en in 70-75% bij PMF. Deze mutatie komt heel zelden voor in combinatie met JAK2 V617F of MPL W515 mutaties. Daarnaast komt de CALR mutatie heel zelden voor in andere myeloïde aandoeningen zoals MDS, CMML, of aCML maar niet in CML, AML, RARS-T, eosinofiele aandoeningen of systemische mastocytose. Mutaties in CALR hebben dus een belangrijke diagnostische waarde. Algemeen zien een specifiek klinisch fenotype bij CALR-gemuteerde MPN patiënten. Zo zien we dat CALR gemuteerde ET patiënten vaak een hoger aantal bloedplaatjes hebben en een lager risico op trombose in vergelijking met JAK2-positieve ET patiënten. PMF patiënten met een CALR mutatie hebben eveneens een meer indolent klinisch verloop en een betere overleving in vergelijking met PMF patiënten met een JAK2 of MPL mutatie. Er is een grote variabiliteit aan mogelijke mutaties (> 50 verschillende), maar de meest frequente (>80 % van alle CALR mutaties) zijn een 52-bp deletie (type 1) en een 5-bp insertie (type 2). Recent werd aangetoond dat ook het type mutatie een impact heeft op de prognose. Type 1-achtige mutaties zijn voornamelijk geassocieerd met een myelofibrose fenotype: > 80% van de CALR-positieve PMF patiënten versus 50-60% van de CALR-positieve ET patiënten. Type 1-achtige mutaties zijn geassocieerd met een significant verhoogd risico op myelofibrotische transformatie bij patiënten met ET (in vergelijking met type 2-achtige CALR mutaties of JAK2 positieve ET patiënten). Type 2-achtige mutaties zijn preferentieel geassocieerd met een ET fenotype, een laag risico op trombose (ondanks een hoog aantal bloedplaatjes), een indolent verloop en een significant lager risico op evolutie naar myelofibrose. Bij PMF patiënten is het verschil tussen type 1- of 2-achtige mutaties op de OS niet uitgesproken. Belangrijke publicaties: - Klampfl et al, Somatic mutations of calreticulin myeloproliferative neoplasms. NEJM 2013; 369:2379 - Nangalia et al, Somatic CALR mutations in myeloproliferative neoplasms with nonmutated JAK2. NEJM 2013, 369:2391 - Rotunno G. et al, Impact of calreticulin mutations on clinical and hematological phenotype and outcome in essential thrombocythemia. Blood 2014;123(10):1552-1555 - Pietra D. et al, Differential clinical effects of different mutation subtypes in CALR-mutant myeloproliferative neoplasms. Leukemia 2016. - Elala YC et ak, Calreticulin variant stratified driver mutational status and prognosis in essential thrombocythemia. Am J Hematol 2016 - Asp J et al, Mutation status of essential thrombocythemia and primary myelofibrosis defines clinical outcome. Haematologica 2016

Opmerkingen:

Belang pre-analytische fase - stabiliteit staal: 
Aparte, ongeopende EDTA buis voor moleculaire uitwerking.
Het staal moet binnen de 2 dagen na afname verzenden worden naar het Klinische Biologie, moleculaire diagnostiek hematologie (2P8) zodat dit binnen de 3 dagen na afname in het labo kan verwerkt worden. In tussentijd moet het staal in de koelkast bewaard worden (2-8°C). 

Terugbetaling:
Het opsporen van mutaties in CALR gen valt vanaf 1 november 2016 onder de RIZIV verstrekking 588512-588523, waarbij genafwijkingen door middel van een moleculair biologische methode worden opgespoord in de diagnostische investigatiefase van een chronische myeloproliferatieve neoplasie. Dit betekent dat binnen de diagnostiek van MPN, 2 testen (waaronder ook JAK2 en MPL mutaties) 1x per jaar kunnen worden aangerekend met een B-waarde van 3500 per test. 

Externe kwaliteits evaluatie:

Zelf georganiseerde externe kwaliteitscontrole, MODHEM

Accreditatie:

Ja (Accreditatie volgens BELAC-certificaat 087-MED)

Validatiedossier:

Ja

Gerelateerd:

Verantwoordelijke:

Apr. biol. B. Denys