Mutatieanalyse van genen betrokken bij MPN d.m.v. NGS (MPNmini panel)

Staaltype:

Bloed of beenmerg in EDTA

Volume:

Beenmerg min. 1 mL, bloed 4 ml (min. 1 mL)

Uitvoering:

Wekelijks

Antwoordtijd:

Max. 25 dagen

Afnamecondities:

Vers afgenomen met vermelding afnametijdstip op aanvraagformulier (datum en uur)

Verzending:

Binnen 3 weken na afname

Methode:

Next Generation Sequencing (NGS); deels uitgevoerd door MDG (zie onder)

Techinfo:

De mutatieanalyse is gebaseerd op massive parallel sequencing, waarbij gebruik wordt gemaakt van een in-house protocol. In een eerste stap worden op het DNA verschillende multiplex en singleplex PCRs uitgevoerd. De amplicons worden vervolgens gelabled met patiënt-specifieke barcodes en de nodige adapters die sequencing op de MiSeq van Illumina toelaten. Na sequentie-bepaling worden de bekomen sequenties gealigneerd met de doelwitgenen en worden de variaties geïdentificeerd. Enkel varianten met een VAF (Variant Allele Frequency) van > 5% met klinische relevantie worden gerapporteerd. 
De library preparation, sequenering, primaire en secundaire data-analyse wordt uitgevoerd door het platform Moleculaire Diagnostiek UZ Gent (MDG) (https://www.cmgg.be/nl/zorgverlener/labguide/platform-moleculaire-diagnostiek-uz-gent-mdg) 


Analytische gevoeligheid van assay: 
De analytische gevoeligheid (detectielimiet) is beperkt tot 1-5%, waardoor deze NGS techniek niet gevoelig genoeg is voor MRD bij follow-up. De test vertoont een sensitiviteit van 90.0% % (95% CI: 73.5% - 97.9%) en een specificiteit van 100 % (95% CI: 92.1% - 100%) wanneer alle varianten bekeken worden. Voor de detectie van JAK2 V617F wordt daarom nog steeds in eerste lijn de qPCR analyse uitgevoerd, die een hogere gevoeligheid heeft. Wanneer de stalen met een zwak positief signaal voor JAK2 V617F niet meegeteld worden, vertoont de NGS analyse een sensitiviteit van 100 % (95% CI: 87.2% - 100.0%) en een specificiteit van 100 % (95% CI: 92.1 - 100.0 %)

Klinische info:

Myeloproliferatieve neoplasmen (MPN) is een verzamelnaam voor chronische klonale aandoeningen van myeloïde hematopoietische voorlopercellen en omvatten de klassieke MPN, namelijk chronische myeloïde leukemie (CML), polycythaemia vera (PV; ziekte van Vaquez), essentiële thrombocytemie/trombocytose (ET) en primaire myelofibrose (PMF) maar ook de meer zeldzame aandoeningen zoals chronische eosinofiele leukemie (CEL), chronische neutrofiele leukemie (CNL), atypische chronische myeloïde leukemie (aCML), chronische myelomonocytaire leukemie (CMML) en systemische mastocytose (SM). Alhoewel elke MPN een afzonderlijke klinische entiteit is, hebben ze gemeenschappelijke kenmerken die hen onderscheiden van andere myeloïde aandoeningen zoals myelodysplastisch syndroom (MDS) en acute myeloïde leukemie (AML). In de voorbije decennia zijn talrijke genen geïdentificeerd die een rol spelen bij het ontstaan van MPN. De detectie van specifieke genmutaties kan helpen bij het stellen van een juiste diagnose van aandoeningen die anders moeilijk van elkaar te onderscheiden zijn, en daarnaast hebben sommige gevonden genmutaties een impact op de prognose of zijn het ook mogelijke therapeutische targets. De keuze van de genen waarvoor gescreend wordt naar mutaties/variaties werd bepaald op basis met gegevens van de literatuur, reeds bestaande commerciële MPN panels en de frequentie van voorkomen. Finaal detecteert deze methode somatische mutaties in CALR, JAK2 en MPL (3 genen). Voor het klinisch, prognostisch en therapeutisch belang van de individuele genen, wordt verwezen naar de informatie bij de respectievelijke genen. Dit is echter een continu evoluerend domein waarbij de opgegeven informatie zo goed als mogelijk accuraat zal worden bijgehouden.

Opmerkingen:

Terugbetaling:
Het opsporen van mutaties bij chronische myeloproliferatieve neoplasmen valt vanaf 1 november 2016 onder de RIZIV verstrekking 588512-588523. Dit betekent dat binnen de diagnostiek van MPN, 2 testen 1x per jaar kunnen worden aangerekend met een B-waarde van 3500 per test. Naast deze NGS test voor detectie van mutaties in 3 genen, valt de aanrekening van qPCR voor bepaling BCR-ABL1, mutatie JAK2 c.1849G>T (p.(Val617Phe)), mutatie KIT D816V onder deze RIZIV verstrekking. Daarom zal zoveel mogelijk getracht worden om gericht testen in te zetten bij een vermoeden van een MPN (2x aanrekenen). 

Externe kwaliteits evaluatie:

Zelf georganiseerde externe kwaliteitscontrole

Accreditatie:

Ja (Accreditatie volgens BELAC-certificaat 087-MED)

Validatiedossier:

Ja

Gerelateerd:

LG-324 Mutatie Calreticulin of CALR, LG-327 Mutatie JAK2 exon 12/14, LG-334 Mutatie MPL,

Verantwoordelijke:

Apr. biol. B. Denys